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2016-04-26 生物探索
图片来源：安诺优达
4月23日，中国临床肿瘤学会（CSCO）和中国肿瘤驱动基因分析联盟（CAGC）联合发布了《二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤精准医学诊断的共识》（下称共识），旨在为二代测序技术应用于临床肿瘤驱动基因分析提供相关指导性建议，并规范临床实践。作为我国首个关于二代测序临床肿瘤诊治的共识，一经发布便引起了业内的高度关注，它的推出将对二代测序技术的规范化应用有很大的促进作用。
《共识》由癌症遗传学家、临床肿瘤专家、生物信息学专家、病理学家等专家起草，主要针对临床医生、临床医院内部的检验部门以及第三方检验机构。内容涵盖了二代测序技术质量需求、临床肿瘤相关NGS检测内容、样本处理、测序流程、数据管理、信息学分析、结果报告解释和咨询以及知情同意书、NGS用于研究与诊断的区别、CAGC POI项目NGS测试的监管等9方面的内容。《共识》详细内容将在CSCO官方网站上公开。
中国首部《二代测序（NGS）技术应用于临床肿瘤精准医学诊断的共识》与欧盟的《NGS诊断指南》
2015年欧盟率先出台《NGS诊断指南》。该指南从目前发展水平、诊断/临床的效用、知情同意书及对患者和医生的通知、验证、报告、研究与诊断之间的区别六个方向做了38个声明，并发表于Nature子刊上。那么欧盟的《NGS诊断指南》与我国的首部《共识》有何共同之处？笔者根据新华网的报道，将两者共同关注的焦点进行了归类。
1NGS技术的应用现状
由于技术发展迅猛导致了NGS平台出现不稳定的现状。然而，这不能作为阻止NGS应用于诊断领域的理由，因为从某种程度上说，NGS确实能给患者带来了潜在的利益。中国的首部《共识》与欧盟出台的《NGS诊断指南》均强调了NGS技术的应用现状。
上海南方基因组中心王升跃教授对NGS技术要求进行了说明，强调了检测需在通过审核验收的临床基因扩增检验实验室进行，且各检测实验室应参加“NGS相关的室间质量评估项目”来提供和保证检测的能力和质量。
欧盟的《NGS诊断指南》强调未根据最新指南要求进行可接受性验证测试，NGS不应进入临床实践中；实验室必须确定即将进行的测试是用于排除诊断还是证实诊断。
2NGS检测内容
检测内容是NGS诊断首先要明确的要点。《共识》中对临床肿瘤相关的NGS检测内容进行了规定。欧盟的《NGS诊断指南》强调，实验室提供的每个NGS检测应明确以下几点，包括明确目标疾病，明确所检测的基因名称，明确可报告范围，明确分析敏感度和特异性，如果可以，还应明确与临床表型无关但与所检测的基因相关的疾病。
3样本管理
样本的质量与许多参数有关，包括数据的产量、PCR拷贝和覆盖的比例等。北京协和医院梁智勇教授提出NGS检测样本处理均应有明确的SOP指导，组织DNA和血浆DNA样本均应进行检测前的质量控制分析。样本的处理也是本次《共识》强调的主要内容之一。
欧盟的《NGS诊断指南》指出，由于NGS工作流程非常复杂，因此应建立样本的追踪方法，包括在实验室和计算分析中实施并联法；在评估分析处理中包括平台验证过程应建立样本追踪方法和设置样本识别条形码。
4信息学分析
信息学分析是试验数据走向临床应用的关键步骤之一，《共识》对NGS数据的产生、管理和生物信息学方面提出了建议。然而，具体建议需等CSCO官方网站详细公布。
欧盟《NGS诊断指南》指出，显然每种测序技术都存在着优缺点，生物信息学工具必须能反映这些特征；生物信息学流程必须针对所使用的技术平台；任何化学成分的改变、浓缩方法或生物信息学分析平台应该保证后续的有效性；诊断实验室必须验证所有的生物信息学流程（公用工具或商业软件包）的标准信息设置，以确保相关数据更改后（新版本）及时跟进；诊断实验室应使用当前注释相关变异体的结构化数据库。
5临床报告
NGS检测结果报告的清晰性和一致性至关重要，因为实验室的报告不仅给专家阅读，还可能给非专家阅读。《共识》同时配发《NGS检测报告格式化模板》用以指导检测结果的临床报告，目的是确保检测方以标准化、全面充分但又简明易懂的方式为临床医生提供信息，协助其用于患者的靶向治疗方案的决策。
欧盟《NGS诊断指南》对检测结果报告做了相关声明。NGS的分析报告应对患者的鉴别诊断进行总结，简要描述测试，总结结果，将主要结果放于报告首页。所有致病（5类）或可能致病（4类）的变异必须包含在报告中，由当地政策决定是否报告未分类的变异（UVs-3类），且实验室科学家及临床医生必须清楚UVs-3类变异；需发起收集和分享可用信息的群体活动，最终目的是将变异体绝对分类为致病性（5类）或良性（1类）；被实验室或研究所采纳的与直接结果和二次结果相关的政策必须体现在实验室的实践和报告中。
6诊断目的和研究目的的区别
随着全基因组测序在研究和诊断领域的应用增加，两者之间的界线也越来越模糊，因此有必要描述两者之间的区别。《共识》特别使用单独章节明确区分了诊断目的和研究目的的NGS检测。《共识》定义，前者是为了回答患者肿瘤是否存在特定的基因变异状态，以协助临床及药物治疗决策，这种检验需要在得到认证的实验室开展；而后者是针对某种“研究假设”开展的检测，结果通常不具有明确的临床意义，因此需要在进一步诊断条件下确证才能纳入患者的医疗记录。且两者均需建立数据库。
欧盟《NGS诊断指南》在谈及NGS诊断目的和研究目的的区别时指出任何诊断测试都是为了回答与患者医疗条件相关的临床问题；研究测试是一种驱动假设，结果可能仅限于参与研究的患者的临床效应；通过分析外显子或基因组得出的诊断测试结果可假设生成；当以单一患者的诊断为的目的诊断检测应在获认可的实验室中进行，研究结果必须在通过认证的实验室确定后方可转移至患者身上；所有来自健康个体的诊断测试或研究测试的变异频率都应共享；所有的变异报告应提交供联盟、地区、国家或国际数据库共享。
7知情同意书
知情同意书是NGS检测必不可少的环节。《共识》要求，患者在接受检验前需知情同意、获得相关遗传学咨询，以确保患者知晓基因检测的目的、利弊以及测试的局限性。
欧盟的《NGS诊断指南》规定在执行NGS诊断检测之前，临床（遗传）中心需要建立一个“直观结果和二次结果的协议”，该协议必须与伦理委员会的意见相符，应明确——在实验室、研究所或国家层面上——除了最初的诊断结果，患者对检测出来的额外结果的告知是否有选择决定权，还应详细说明检测直观结果与疾病携带状况是否出现在检测报告中。实验室必须确保能妥善管理协议中的每一条选项；关于与目标疾病无关的其他疾病携带状态和二次结果是否被告知的选项协议，如果临床中心或实验室决定为患者提供，那么该协议应该包含所有的逻辑性；应让患者清楚当地对直观结果与二次结果的管理政策；建议给患者提供一份书面说明书或在线可用信息说明。